Dedektif Conan: Siyah Demir Denizaltı, dünyanın dört bir yanından mühendisler, Pasifik Şamandırasının küresel operasyonu için Hachijo-jima adası yakınlarında bir araya gelir. Bu sırada Junior Dedektifler ile adayı ziyaret eden Conan, Almanya'daki Siyah Giyen Adamlar Örgütü'nde bir Europol çalışanının öldürüldüğünü öğrenir. Endişelenen Conan, Pasifik şamandırasına gizlice girer ve bir kadın mühendisin örgüt tarafından kaçırıldığını keşfeder. Ai Haibara'nın üzerinde kara bir gölge asılı kalırken, deniz dibinde kederli bir gıcırtı yankılanır.
